Un elemento importante en la elaboración de los khinkali es su forma. Tradicionalmente, los cocineros georgianos les dan forma de manera que se forme una pequeña "cola" de masa en la parte superior. Se cree que los khinkali deben tener al menos 18 pliegues en la base (a medida que se acerca a la cola). Esto facilita su manejo y, además, la cola se enfría más rápido. La cola poco cocida se suele desechar (y también sirve para llevar la cuenta de los khinkali que se han comido). Los khinkali moldeados se hierven en agua hirviendo (la opción más común) o se fríen. Algunos establecimientos ofrecen ambas versiones, hervidas y fritas, de cada tipo de khinkali con diferentes rellenos.

Una característica distintiva del plato (especialmente de la versión rellena de carne, y sobre todo de la hervida) es la presencia de una gran cantidad de "jugo" (esencialmente caldo) en su interior. Como resultado, el proceso de comer se vuelve más difícil, y se recomienda comer con las manos: usar tenedor y cuchillo evitará que los jugos se queden dentro del khinkali.