Un élément essentiel de la confection des khinkali réside dans leur façonnage. Traditionnellement, les chefs géorgiens leur donnent une forme de petite « queue » de pâte à l'extrémité. On considère que les khinkali doivent présenter au moins 18 plis à la base (en s'approchant de la queue). Cela facilite leur prise en main et permet également à la queue de refroidir plus rapidement. La queue insuffisamment cuite est généralement jetée (elle permet aussi de compter facilement le nombre de khinkali consommés[4]). Les khinkali ainsi façonnés sont soit bouillis (l'option la plus courante), soit frits. Certains établissements proposent les deux versions, bouillies et frites, de chaque type de khinkali, avec différentes garnitures.

Une caractéristique de ce plat (en particulier la version à la viande, et plus particulièrement la version bouillie) est la présence d'une grande quantité de « jus » (essentiellement du bouillon) à l'intérieur de chaque khinkali. De ce fait, la dégustation devient plus difficile et il est recommandé de manger avec les mains : utiliser une fourchette et un couteau empêchera le jus de rester à l’intérieur du khinkali.