Ein wichtiger Aspekt bei der Zubereitung von Chinkali ist die Formgebung. Traditionell formen georgische Köche sie so, dass sich oben ein kleiner Teigstiel bildet. Chinkali sollten mindestens 18 Faltungen am Boden (in Richtung des Stiels) aufweisen. Dadurch lassen sie sich gut halten, und der Stiel kühlt schneller ab. Der noch nicht durchgegarte Stiel wird üblicherweise weggeworfen (er dient außerdem als praktisches Zählwerkzeug, um die Anzahl der bereits gegessenen Chinkali zu zählen). Die geformten Chinkali werden entweder in kochendem Wasser gekocht (die gängigste Variante) oder frittiert. Einige Lokale bieten sowohl gekochte als auch frittierte Versionen jeder Chinkali-Sorte mit verschiedenen Füllungen an.

Ein charakteristisches Merkmal des Gerichts (insbesondere der mit Fleisch gefüllten und vor allem der gekochten Variante) ist die große Menge an Flüssigkeit (im Wesentlichen Brühe) im Inneren jedes Chinkali. Dadurch wird das Essen schwieriger, und es wird empfohlen, mit den Händen zu essen: Die Verwendung von Gabel und Messer verhindert, dass der Saft im Inneren der Chinkali zurückbleibt.